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中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)鄧兆祥 J. Am. Chem. Soc.:閃速合成DNA密度最高的球形核酸

球形核酸(SNA)即DNA多功能化納米顆粒(NP),是DNA相關(guān)組裝、傳感和治療等應(yīng)用的關(guān)鍵納米單元。
引言
球形核酸(SNA)即DNA多功能化納米顆粒(NP),是DNA相關(guān)組裝、傳感和治療等應(yīng)用的關(guān)鍵納米單元。SNA具有緊密嫁接的DNA鏈和由此帶來(lái)的諸多獨(dú)特性質(zhì),包括可調(diào)的雜交活性、增強(qiáng)的/多價(jià)靶標(biāo)結(jié)合、陡峭的熔解轉(zhuǎn)變曲線、抗核酸酶/鹽穩(wěn)定性和無(wú)載體細(xì)胞攝取等。SNA合成通常始于水溶液中帶有巰基末端的DNA與金納米顆粒(AuNP)之間的相互作用。DNA和AuNP上的負(fù)電荷會(huì)導(dǎo)致強(qiáng)烈的庫(kù)侖排斥,不利于DNA接近金表面。為了克服此障礙,需要添加鹽以屏蔽靜電力,但這會(huì)增加NP團(tuán)聚的風(fēng)險(xiǎn)。Mirkin等人意識(shí)到這一點(diǎn),采用逐步加鹽和延長(zhǎng)陳化時(shí)間以最大化DNA負(fù)載量。同樣,表面活性劑也可用于穩(wěn)定AuNP。
成果簡(jiǎn)介
修飾有高密度DNA鏈的納米粒子(NP),也稱(chēng)為球形核酸(SNA),廣泛用于可編程的DNA組裝、傳感、成像和治療。常規(guī)的SNA合成過(guò)程非常耗時(shí),且需要格外小心以避免NP聚集。中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)鄧兆祥等人報(bào)道了一種極其簡(jiǎn)單、快速、高效且可望規(guī)?;苽涞倪^(guò)程,作者稱(chēng)之為“INDEBT”(Instantaneous Dehydration in Butanol),可瞬間生成具有創(chuàng)紀(jì)錄的高DNA密度SNA。該方法依賴(lài)于DNA/NP混合物和丁醇相接觸時(shí)的快速除水。該過(guò)程產(chǎn)生均勻混合的DNA/NP脫水“固溶體”,大大加速了DNA在NP表面的Au-S鍵錨定反應(yīng)。與文獻(xiàn)中最先進(jìn)的DNA修飾策略相比,丁醇中瞬間脫水(INDEBT)最高能使DNA密度增加至3倍左右。這種超致密的DNA嫁接反應(yīng)在幾秒鐘內(nèi)即可完成,所得SNA可用于高密度核-衛(wèi)星組裝體的構(gòu)建。這一工作使SNA合成變得輕而易舉,并使未來(lái)能夠探索具有超高DNA密度SNA的物理、化學(xué)和生物學(xué)效應(yīng)。該成果以Flash Synthesis of Spherical Nucleic Acids with Record DNA Density為題發(fā)表在J. Am. Chem. Soc.
圖文導(dǎo)讀
圖1典型的INDEBT過(guò)程

A)操作流程;

(B-C)凝膠電泳結(jié)果顯示,隨丁醇:H2O體積比增加,檸檬酸鹽(B)和磺化三苯基膦(C)保護(hù)的15 nm AuNP表面DNA修飾量先緩慢增加(B)或幾乎不變(C),發(fā)生脫水(INDEBT)時(shí)DNA接枝量急劇增加。

圖2. DNA接枝量的測(cè)定

A-D)通過(guò)冷凍和INDEBT獲得的系列尺寸(5-45 nm AuNP,21-89b DNA)SNA的電泳圖和熒光DNA定量;

(E)不同方法制備的SNA的DNA修飾密度對(duì)比。

3. 冷凍-INDEBT分步修飾及納米熒光探針制備

(A)通過(guò)冷凍-INDEBT分步過(guò)程獲得的DNA載量;

(B)雙鏈DNA修飾;

(C)納米探針表面帶FAM熒光標(biāo)簽DNA的釋放量;

(D)目標(biāo)DNA誘導(dǎo)帶FAM標(biāo)簽DNA釋放過(guò)程的熒光監(jiān)測(cè)。

4. INDEBT獲得的SNA用于高密度核-衛(wèi)星組裝

(A)組裝結(jié)果的凝膠電泳表征;

(B)基于TEM的組裝產(chǎn)物衛(wèi)星計(jì)數(shù);

(C-D)以冷凍和INDEBT制備的DNA功能化AuNP和AuNR(金納米棒)為核組裝得到的核-衛(wèi)星結(jié)構(gòu)TEM圖像。

小結(jié)
文章利用丁醇引起的瞬間脫水(INDEBT)實(shí)現(xiàn)SNA的秒速生成。該方法不需要特殊的設(shè)備、苛刻的條件和難以掌握的技巧,因而可望進(jìn)一步擴(kuò)大制備規(guī)模。新策略不僅減小了SNA制備過(guò)程的時(shí)間和失敗率,而且使DNA接枝密度達(dá)到了新記錄。這一進(jìn)展對(duì)促進(jìn)DNA納米技術(shù)的快速發(fā)展和SNA的廣泛應(yīng)用十分及時(shí)。該工作所實(shí)現(xiàn)的具有極高DNA密度的SNA將鼓勵(lì)人們進(jìn)一步探索其獨(dú)特的化學(xué)和生物學(xué)效應(yīng)。丁醇萃取是分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的常規(guī)技術(shù),其在SNA合成中展示的新用途預(yù)示了INDEBT在化學(xué)/納米技術(shù)中進(jìn)一步應(yīng)用的可能性。
本文第一作者為中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)在讀博士生郝艷。
文獻(xiàn)鏈接:Flash Synthesis of Spherical Nucleic Acids with Record DNA Density, J. Am. Chem. Soc., 2021, DOI:10.1021/jacs.1c00568
團(tuán)隊(duì)介紹
鄧兆祥,男,博士,中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)化學(xué)與材料科學(xué)學(xué)院教授,博士生導(dǎo)師。2014年度國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者。1991-2000年于中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)應(yīng)用化學(xué)系和化學(xué)系學(xué)習(xí)并獲理學(xué)學(xué)士和博士學(xué)位,2000-2002年清華大學(xué)化學(xué)系博士后,2002-2005年美國(guó)普度大學(xué)化學(xué)系博士后。自2005年起任中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)化學(xué)系教授。研究工作緊扣生物分子(主要為DNA)和納米材料之間可控的物理和化學(xué)相互作用,如分子識(shí)別、選擇性表面吸附、粒子形狀和空間效應(yīng)、界面電子和能量轉(zhuǎn)移以及物性耦合等,結(jié)合凝膠電泳、電化學(xué)和光譜分析等手段,重點(diǎn)研究:(1)不同組成、形狀和物理、化學(xué)特性的納米材料穩(wěn)定可控的生物修飾方法;(2)用于精確控制納米材料表面配基數(shù)目(價(jià)態(tài))以及監(jiān)測(cè)納米組裝過(guò)程的高效分離、分析方法;(3)強(qiáng)偶聯(lián)納米結(jié)構(gòu)的程序化組裝策略及在分析、傳感中的應(yīng)用。在Acc. Chem. Res.,J. Am. Chem. Soc.,Angew. Chem. Int. Ed.,CCS Chem.,Sci. China Chem.,Nano Lett.,Adv. Mater.,Chem. Sci.,Small,Chem. Commun.等期刊發(fā)表SCI收錄論文100余篇。受邀在國(guó)內(nèi)外學(xué)術(shù)專(zhuān)著中撰寫(xiě)5章,包括《DNA納米技術(shù):分子傳感、計(jì)算與機(jī)器》(科學(xué)出版社),《Materials Science of DNA》(CRC出版社)和《DNA Nanotechnology: From Structure to Function》(Springer出版社)等。通用電化學(xué)模擬軟件ecNETSIM唯一作者(非商業(yè)用途免費(fèi))。曾獲中國(guó)化學(xué)會(huì)“青年化學(xué)獎(jiǎng)”等獎(jiǎng)項(xiàng)。應(yīng)邀擔(dān)任化學(xué)學(xué)報(bào)、中國(guó)化學(xué)快報(bào)、分析化學(xué)、中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)學(xué)報(bào)以及Analytical and Bioanalytical Chemistry期刊編委。
文章轉(zhuǎn)載自微信公眾號(hào):材料人

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